Os hemos comentado que Sant Climent se reconstruyó sobre un templo preexistente, y en la cabecera encontramos algunos testimonios. Aparte del aparejo de la parte inferior del ábside central, distinto del utilizado en la parte superior, observemos la línea de ventanas que se abre por debajo de la ventana axial: son de doble derrame y de articulación más sencilla que aquella. No hay duda de que serían las ventanas del antiguo ábside, sobre las cuales se levantó el nuevo, de proporciones mucho más ambiciosas.
De hecho, las nuevas ventanas axiales de cada uno de los ábsides constan de aberturas en forma de aspillera (enlaces 8/9) bajo una serie de arcos de medio punto en degradación. Los elementos decorativos de cornisas y ventanas, por otra parte, se ejecutan con una piedra distinta a la de los muros, algo más rojiza y ligera. En los tres ábsides se repite la misma decoración de estilo lombardo (enlaces 3 a 7 y 12 a 14): friso de dientes de sierra por encima de series de arcuaciones ciegas separadas por lesenas cilíndricas.