Si observáis la planta del edificio, comprobaréis que la cabecera y la nave son de diferente época. Al parecer, reaprovechando una antigua cabecera que sería de la primera mitad del XII, en las postrimerías de esa misma centuria o ya entrada la siguiente se construiría el resto de la fábrica. Iconográficamente esto se traduce en que lo más llamativo del interior de Santa María la Real se sitúa en la cabecera, donde destacan los capiteles del arco triunfal, que describimos más adelante.

Como podéis ver en las fotos 2 a 6, salvo el hemiciclo absidal y los muros de la nave hasta un tercio de su altura, todo el paramento del interior ha sido encalado y, tras la última restauración, repintado. Las ventanas de la nave han perdido su antigua decoración románica, que sólo conserva en el exterior la que queda por encima del único acceso al interior de que dispone el templo, el de la fachada meridional. Los arcosolios del tramo más cercano al presbiterio son del siglo XVII.