La cabecera de la ermita de Junquera ha sufrido muchas transformaciones a lo largo de la historia y en la actualidad presenta el aspecto que podéis observar en la imagen inferior. Los añadidos tanto al norte como al sur del presbiterio solo permiten contemplar, del edificio originario, el semicírculo absidal. La torre cilíndrica que asoma por encima del torreón gótico es una estructura moderna que poco colabora en dar equilibrio al conjunto.

El ábside (fotos 2 a 6) se compone de dos cuerpos separados por una imposta de nacela que corre a la altura de la base de la ventana de la calle central. Como sucede en la muy próxima ermita de la Concepción en Treviana (aunque allí uno de los haces se derribó al transformarse la ermita en capilla del cementerio), el tambor se divide en tres calles separadas por dos haces de tres columnas cuyas basas han desaparecido. Todas apean sobre alto prisma (la central más gruesa que las laterales) y se rematan con capiteles lisos. Una fina columna adosada en cada uno de los ángulos marca la transición entre ábside y presbiterio (fotos 2 y 6). Por estas semejanzas entre una y otra, lo más probable es que tanto esta ermita como la de la Concepción fueran erigidas por el mismo equipo de canteros.