El interior de la iglesia del monasterio de San Juan de Duero presenta planta típica de nave única, presbiterio recto y ábside semicircular en el que se abre una pequeña saetera en posición central (foto 1). El ábside se cubre con bóveda de horno algo apuntada y el presbiterio, un poco más ancho que aquel, con bóveda de cañón también ligeramente apuntada. La nave, bastante más ancha que la cabecera y cuyo suelo se encuentra más bajo que el de aquella, se cubre con tejado de madera a dos aguas.

El arco de triunfo que marca la transición entre la nave y el presbiterio queda, en esta ocasión, medio ocluido por la existencia de los dos baldaquinos, elemento constructivo que, sin duda, es lo más llamativo del interior del templo. Son de tipología parecida, pero presentan algunas diferencias, sobre todo en la forma de la cubierta. Se añadieron a la planta de la nave poco después de la construcción de la iglesia y, al parecer, responden al ritual litúrgico de oriente.