Los cuatro tipos de arquerías parecen corresponderse con dos momentos constructivos diferentes: los de la mitad norte (el A y el B en el plano) siguen los cánones del románico más puro, con arcos de medio punto que descansan sobre columnas dobles de fustes monolíticos y capiteles. La mitad meridional (tipos C y D) se aleja de la ortodoxia y dota a San Juan de un marcado carácter, convirtiéndolo en el que quizás sea el claustro más original de la Península. Empezaremos la descripción detallada por el sector A, el correspondiente al tramo de la galería oeste, y, en el sentido de las agujas del reloj, completaremos la visita.

La decoración de este tramo la encontraremos en las cestas de los cinco capiteles en que apoyan los cuatro arcos de medio punto de la arquería y en las cestas de los capiteles de las columnas acodilladas del machón esquinero, algunas de las cuales han perdido los fustes. El primero por la izquierda lleva grandes hojas de palma con agujeros trepanados (enlace 1), al que sigue otro con cuatro águilas que vuelven los picos (enlaces 2 a 4); el central se decora con hojas verticales de acanto (enlaces 5/6) y los del último arco con leones y sus presas el de la izquierda (7 a 9), y seres híbridos (enlace 10) el de la derecha. Los del machón presentan decoración vegetal en las columnas superiores (enlace 12) y, en las inferiores, cabras paciendo (enlaces 13/14) el de la columna izquierda y una pelea de perros a quienes azuza un personaje con bastón el de la derecha (enlaces 15 a 17).