San Martín es un templo que se abre mayoritariamente para las visitas turísticas. El acceso a su interior se efectúa por la portada de mediodía, en el brazo sur del crucero. Nada más traspasar el umbral, la nave sur se encuentra a nuestra izquierda, junto a la recepción de visitantes.

Tiene la misma anchura que su simétrica del lado septentrional y se cubre con bóveda de medio cañón reforzada por cuatro arcos fajones (fotos 5/9/10). Entre los capiteles de los arcos formeros se encuentra, en nuestra opinión, una de las escenas más interesantes del templo: la del Prendimiento de Jesús, representada en los capiteles 35 y 36 según la numeración de Jesús Herrero y Carlos Arroyo (Arquitectura y Simbolismo de San Martín de Frómista, pag 134).