La iglesia de Santa Maria d'Organyà aparece documentada en un testamento del conde Borrell II del año 933. Fue construida por Isarn, miembro de la familia Caboet y consagrada el año 1090 por el obispo de Urgell como canónica agustiniana. Los litigios entre los propietarios seglares, señores de Caboet y vizcondes de Castellbó, y el obispado establecen momentos de transformaciones constructivas importantes. En 1156 se construye un hospital al lado de la iglesia que queda bajo su protección y en 1224 se independiza del obispado de Urgell. Las ampliaciones de la iglesia se realizan entre los siglos XIII y XIV y en los siglos XVII y XVIII. Fue colegiata hasta 1851 año en que pasa a ser iglesia parroquial después del concordato entre la Santa Sede y el Reino de España.
En 1904 se hallaron en su interior unos textos litúrgicos del siglo XII escritos en lengua catalana, Les Homilies d'Organyà, siendo de los más antiguos hallados en esta lengua. Actualmente quedan ocho pàginas que se conservan en la Biblioteca de Catalunya. El rector, en 1906, halló una talla románica del s. XII de Cristo en la Cruz, vestido y coronado, que se conserva en el MNAC (Museu Nacional d'Art de Catalunya). Durante la guerra civil sufrió graves desperfectos y fue usada como almacén; después de la guerra se ha ido restaurando y se van hallando restos de la estructura original. En el año 2006 fue declarada Bien Cultural de Interés Nacional.
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