El interior del templo acoge, a lo largo de las tres naves, la sala de exposición del Museo de Arte Sacro, con piezas procedentes de diversos lugares como ya hemos mencionado en la página inicial de la iglesia. En la nave central destaca el decorado artesonado de madera a dos aguas que cubre el techo (foto 1).

Las naves laterales son de menor altura que la central y se comunican con ésta a través de cuatro arcos formeros en la nave sur y tres en la nave norte, ya que el cuarto arco hubiese ocupado el espacio en el que se ubica la espadaña (fotos 2/3).

Los arcos se apoyan sobre los finos cimacios de unas pilastras octogonales. La cubierta de las naves laterales también es de madera, pero a un agua y sin decoración. Los arcos están algo apuntados, al igual que el arco de triunfo. La bóveda del presbiterio es de cañon y la bóveda del ábside es de cuarto de esfera (fotos 4/5/6).