Ambas portadas se abren en cuerpos resaltados en el muro meridional (fotos 1/2) y puede que daten de la misma época en que se abordó la reconstrucción del templo, cuando se sustituyó la antigua fábrica románica por la actual gótica. En su hechura son, en cambio, plenamente románicas.
Ninguna de las portadas conserva los canecillos del tejaroz, probablemente debido a alguna reforma posterior. La de la izquierda (foto 3) es algo mayor que la de la derecha o del Perdón (foto 4) que se abre en el año del Jubileo. (Éste fue otorgado por bula del Papa Julio II de 23 de septiembre de 1512. Se celebra aquellos años en que la festividad de Santo Toribio, 16 de Abril, cae en domingo. El motivo de dicha celebración es que en el monasterio se guarda y venera el trozo más grande conservado del Lignum Crucis, la Cruz en que Cristo murió).
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La puerta mayor (foto 5) lleva guardapolvos, que se forma con dos filetes separados por fina escocia, y cuatro arquivoltas (enlace 1) compuestas por dos baquetones, uno más grueso que el otro. Todas son de medio punto, salvo el arco de entrada que es levemente apuntado, y carecen de decoración. Apoyan sobre capiteles continuos, lo que apunta hacia gustos más góticos, que a su vez descansan sobre tres columnas a cada lado con basas . Todo el conjunto se eleva sobre alto podium. Los de la izquierda (enlace 2) llevan dos ángeles que sostienen un escudo con dos llaves entrecruzadas (enlace 4) y una gran águila con las alas extendidas (enlace 5). Los capiteles de la derecha (enlace 3) cabeza con brazos en alto (enlace 6) y hojas de vid y racimos (enlace 7).
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La Puerta del Perdón (foto 6) es muy parecida a la anterior pero algo menor. Lleva guardapolvos de caveto liso que termina en pequeñas ménsulas piramidales y tres arquivoltas (enlace 3) de dos baquetones, uno más grueso que el otro, separados por amplia escocia. Todo ello descansa sobre tres pares de cimacios y capiteles sin decoración (enlaces 1/2) que, a su vez, apoyan en fustes lisos y monolíticos y basas con lengüeta. El fuste de la columna exterior derecha lleva una cruz latina en relieve.